Sudan Airways được Công ty Sudan Railways thành lập năm 1947 để vận chuyển tới các nơi trong nước không có tuyến đường sắt. Đội máy bay ban đầu gồm 4 máy bay Doves. Năm 1952, hãng có máy bay DC-3 đầu tiên và tăng dần lên 7 chiếc. Các máy bay này được sử dụng cho tuyến bay tới Aden, Asmara, Beirut, Cairo và Jeddah. Năm 1959, hãng có thêm máy bay Vickers Viscount và các bắt đầu các chuyến bay tới châu Âu. Cũng năm này, hãng gia nhập IATA. Năm 1962, Sudan Airways nhận 2 máy bay phản lực De Havilland Comet (DH106-4C, ký số ST-AAW và ST-AAX) để thay thế các máy bay Vickers Viscounts. Năm 1967, hãng thay thế các máy bay DC-3s bằng Fokker F27. Sau đó hãng hiện đại hóa bằng các máy bay Boeing 707, Boeing 737, Airbus A310,Airbus A300, Fokker 50 và mới đây 3 Airbus A320.

Nhân kỷ niệm thành lập hãng 20 năm (1947-1967), chính phủ Sudan đã phát hành bốn con tem bưu điện nhiều màu vào tháng 12/1968. Các tem thư này in hình các máy bay DC-3 (15 mm), Comet-4C (55 mm), Dove (2Pt), và Fokker Friendship (3Pt), tất cả đều đang bay.

Sudan tiếp tục bị cuộc nội chiến nên hoạt động của hãng bị hạn chế. Hơn nữa, còn bị LHQ cấm vận nên hãng phải cắt các chuyến bay tới châu Âu và bán 2 máy bay Fokker F50.

Hãng cũng sử dụng máy bay Ilyushin IL-18 của hãng Air Cess.

Năm 2007, chính phủ Sudan tư nhân hóa hãng này, chỉ giữ lại 30% cổ phần. Hãng đã thuê 1 đội chuyên gia cố vấn và sẽ tăng đội máy bay lên 12 chiếc vào cuối năm 2008 và hy vọng sẽ có nhiều máy bay hơn vào năm 2009. Hãng đã mmở thêm các tuyến đường tới Nigeria, Kuwait, Bahrain và Eritrea. Ngoài ra hãng hy vọng sẽ phục hồi tuyến Nairobi và Entebbe. Các nhà đầu tư cũng đang đầu tư thêm các máy móc thiết bị hiện đại dành cho việc đặt chỗ, check-in, mua vé điện tử vv...

Ngày 21.6.2008 Cơ quan quản lý hàng không dân dụng Sudan (CAA) đã buộc hãng phải ngưng hoạt động trong 1 tháng vì vi phạm các nguyên tắc quản lý hàng không, nhưng không liên quan tới vấn đề an toàn, hoặc liên quan tới Chuyến bay 109 bị rớt ngày 10.6.2008.[1]